A jogabilidade em Pikmin 2 envolve o uso de diferentes combinações de Pikmins para resgatar diversos tesouros da superfície do planeta. Esse tesouros variam de baterias a iogurtes. Diferentes barreiras e inimigos são encontrados para dificultar ao jogador a recuperação dos tesouros. O jogador deve considerar cada cor dos Pikmins e quanto dessas cores serão necessárias para completar certo desafio.

A dificuldade é traçada pelo fato de que não mais de 100 Pikmins podem ser jogados ao mesmo tempo. O jogador tem um dia como tempo para jogar, o qual em tempo real equivale a 15 minutos. Desafios típicos do jogo incluem derrotar inimigos, construir pontes, destruir paredes, ou remover obstáculos.

Existem diversas diferenças entre Pikmin e Pikmin 2. Uma delas é a eliminação do limite de 30 dias imposta durante os cursos do primeiro jogo Pikmin. Em Pikmin 2, o jogador deve continuar procurando pelos tesouros por quantos dias forem necessários.

O jogo possui 201 peças de tesouros colecionáveis, em oposição as 30 partes disponíveis no primeiro Pikmin. A adição de sprays foi outra nova disponibilidade em Pikmin 2. O spray vermelho aumenta a força de velocidade e força do Pikmin. O spray roxo transforma os inimigos em rochas. Em Pikmin 2 houve ainda o notável aumento de velocidade de se jogar os Pikmins.