Em PokéPark 2: Wonders Beyond, você controla um de quatro personagens Pokémon: Pikachu e os Pokémon iniciais da Unova, Oshawott, Snivy e Tepig. Todos eles possuem habilidades únicas que serão fundamentais para resgatar os Pokémon perdidos. Os movimentos elétricos de Pikachu poderão ajudar a ativar dispositivos pelo caminho; Oshawott consegue mover-se pela água; Snivy desloca-se com rapidez e consegue saltar mais alto do que qualquer outro Pokémon e, finalmente, Tepig consegue destruir os obstáculos.

Esta grande variedade de habilidades permite a Pikachu e aos seus companheiros adaptarem-se a praticamente qualquer ambiente ou situação, com controlos fáceis de usar que fazem de PokéPark 2: Wonders Beyond um jogo com o qual tanto principiantes e fãs de Pokémon como veteranos de PokéPark podem divertir-se.

Mas Pikachu, Oshawott, Snivy e Tepig não são os únicos Pokémon que conhecerá na sua misteriosa aventura pois existem quase 200 Pokémons, incluindo muitos da região de Unova, com os quais poderá criar uma amizade e que poderão revelar-se uma ajuda preciosa. Os outros Pokémon poderão te desafiar para jogos em que terá de combater múltiplos adversários, jogar às escondidas, participar em jogos de perseguição ou até competir num teste oral. Enfrente esses Pokémon para provar do que é capaz e eles te recompensarão tornando-se seus amigos e ajudando na sua missão para salvar os Pokémon.